Kariéra v NBA

Seattle SuperSonics (1990–2003)

Paytona si v drafte v roku 1990 vybrali z druhého miesta Seattle SuperSonics a s nimi strávil celkovo 12 a pol sezóny. Vstup do ligy ho priniesol pod veľké očakávania, no v prvých dvoch sezónach strieľal priemerne 8.2 bodov na zápas. Avšak už čoskoro sa ukázal ako jeden z najlepších point guardov v lige. V 90. rokoch vytvoril so Shawnom Kempom tzv. "Sonic Boom", čo bol jeden z najlepších tandemov všetkých čias. Deväťkrát po sebe sa dostal do tímu All-NBA (prvý tím - 1998, 2000; druhý tím - 1995, 1996, 1997, 1999, 2002; tretí tím - 1994, 2001). Do prvého defenzívneho tímu bol vybratý deväťkrát v rade (1994-2002) a cenu pre najlepšieho obrancu získal v roku 1996. Bol aj členom zlatého olympijského tímu rokov 1996 a 2000. V roku 1996 so Supersonics po skvelej sezóne 64 víťazstiev dosiahol finále NBA, no tam prehrali v šiestich zápasoch proti Jordanovmu Bulls.

Milwaukee Bucks a Los Angeles Lakers (2003-2004)

V strede sezóny 2002/03 bol počas Trade deadline Payton poslaný do Milwaukee Bucks v trejde, do ktorého bolo zahrnutých celkovo päť hráčov. Zostávajúcich 28 zápasov teda odohral za Bucks. Ako voľný hráč pred sezónou 2003/04 podpísal s Karlom Malonem zmluvu s Los Angeles Lakers. Payton však bojoval s herným štýlom Phila Jacksona, ktorý ho obmedzoval v držaní lopty. Aj napriek zraneniam Maloneho, Shaquilla O'Neala a Kobe Bryanta počas základnej časti, Lakers vyhrali 56 zápasov. Na ceste do finále porazili Houston, San Antonio a Minnesotu, ale vo finále podľahli v piatich zápasoch Detroitu.

Boston Celtics (2004-2005)

V sezóne 2004/05 bol Payton opäť draftovaný. Payton a Rick Fox odchádzajú do Bostonu Celtics za centra Chrisa Mihma, small forwarda Jumaineho Jonesa a point guarda Chuckyho Atkinsa. Payton vyjadril nespokojnosť s obchodom, ale sezónu začal ako prvý point guard tímu. Vo februári 2005 sa znova sťahoval do Atlanty, kde sa pri výmene do Celtics vrátil ich bývalý hráč, Antoine Walker. Hawks sa ho hneď po výmene vzdali a on sa do Celtics vrátil ako voľný hráč. Payton s Bostonom vyhrali Atlantickú divíziu, no v prvom kole play-off vypadli s Indianou Pacers.

Miami Heat (2005-2007)

22. septembra 2005 podpísal jednoročný kontrakt na 1.1 milióna s Miami Heat, kde sa opäť stretol s bývalými spoluhráčmi Walkerom a O'Nealom. Payton nakoniec konečne vyhral svoj prvý prsteň pre šampióna NBA po dlhých, 16 sezónach strávených v lige. Heat vo finále zdolali Dallas Mavericks v šiestich zápasoch. V tejto sérii Payton zaznamenal dve kľúčové strely - najskôr v zápase číslo tri premenil víťazný kôš a v piatom zápase zaznamenal posledné body Miami, ktoré znamenali víťazstvo o bod. V septembri sa rozhodol s Heat predĺžiť zmluvu na 1.2 milióna dolárov. Počas tejto sezóny sa opäť šplhal po historických rebríčkoch. Zo 17. na 8. miesto sa dostal v počte odohratých zápasov, usadil sa na 7. mieste v počte odohratých minút a stal sa aj 21. najlepším strelcom v histórii NBA.