Univerzita

V roce 1955 se Chamberlain přidal k univerzitnímu basketbalovému týmu Kansasu. Když poprvé dorazil do ještě pořád rasově segregovaného města, tak byl tento mladý teenager velmi šokovaný, hlavně potom co byl v rodné Filadelfii opatrováván jako velká hvězda, když uviděl místa, kam lidé jeho pleti měli vstup zakázán. Chamberlain tyto znaky ignoroval a jedl a chodil ven tam, kam chtěl. Když si uvědomil, že ho nikdo neprovokoval, tak se vzdal svého odporu a jako výsledek se běloši začali k Afroameričanům v městečku Lawrence lépe chovat.

Na univerzitě se Chamberlain stal nováčkem týmu Kansas Jayhawks pod vedením trenéra Phoga Allena, kterého obdivoval. Prezentován jako člověk, který je schopný dosáhnout do výšky 2,9 metrů s rozpětím paží 2,2 metrů, byl jeho debut plný velkých očekávání a on je splnil. V prvním zápase za tým nováčků (prváků) se jeho tým utkal proti hlavnímu týmu Jayhawks, který všichni letos odhadovali na zisk titulu konference. Chamberlain nad svými staršími spolužáky dominoval, když nastřílel 42 bodů (s úspěšností 16-35 střel z pole a 10-12 z trestné čáry), doskočil 29 balonů a bloknul čtyři střely. Jeho trenér, který akorát oslavil své 70 narozeniny, ale odešel do důchodu a Chamberlainovy nový trenér Dick Harp nepadl do oka.

Chamberlain odehrál svůj první zápas za hlavní tým Jayhawks 3. prosince 1956, ve kterém nastřílel 52 bodů a doskočil 31 balonů, čímž zlomil oba dva univerzitní rekordy, a tak svému týmu pomohl k výhře 87:69 nad Northwest v čele s budoucím spoluhráčem NBA Joe Ruklickem. Chamberlainův spoluhráč Mothe Johnson se snažil vlastními slovy popsat, jak moc atletický Chamberlain byl:

„Wilt měl neuvěřitelnou výdrž a také rychlost a nikdy nebyl unavený. Smečoval takovou rychlostí, že většině obránců přirazil prsty k obroučce.“

Chamberlain dokonce jednou smečí zlomil Johnymu Kerrovi palec. V této době si vylepšil několik ofenzivních metod, které se staly jeho typickými: finger roll, střela z odskoku, ale také nahrávky a blokování střel. Vedl talentovaný tým se základní sestavou složenou z Maurice Kinga, Genea Elstuna, Johna Parkera, Rona Loneskyho a Lew Johnsona. Jayhawks měli bilanci 13-1, než prohráli zápas proti Oklahoma State 56:54, kde Oklahoma posledních 3:30 minut držela balon bez úmyslu skórovat (v té době to pořád bylo možné, dokud se v roce 1984 v NCAA nenainstalovaly zápasové hodiny).

Stejně tak, jako dělal na Overbrooku, i tady předváděl neuvěřitelné atletické výkony. 100 metrů uběhl za 10,9 vteřin, koulí vrhl do dálky 17 metrů, trojskokem doskočil přes 15,2 metrů a tři roky po sobě vyhrál skok přes laťku.

V roce 1957 se mužského basketbalového turnaje NCAA Division I zúčastnilo 23 týmů. Středozápadní region se hrál v Dallasu v Texasu, který byl pořád rasově segregován. V prvním zápase se Jayhawks utkali s pouze bělošským univerzitním týmem Southern Methodist. Hráč Kansasu John Parker později okomentoval atmosféru slovy:

„Diváci byli brutální. Plivali na nás, házeli na nás různé věci a měli rasistické poznámky.“

Kansas tento zápas nakonec vyhrál v prodloužení 76:65 a policie musela Jayhawks eskortovat, aby nedošlo k nějakému zranění. Další zápas proti Oklahomě City byl podobně nepříjemný, ale Jayhawks opět před rasistickým davem vyhráli 81:61. V semifinále Jayhawks v čele s Chamberlainem porazili univerzitu San Francisco 80:56.

Chamberlain byl vybrán do Prvního týmu All-America a dovedl svůj tým do finále NCAA proti Tar Heels ze Severní Karolíny. V tomto zápase použil trenér Tar Heels, Frank McGuire, několik neobvyklých metod, kterými se Chamberlainovi snažil zabránit v podání skvělého výkonu. Během zápasu ho Tar Heels v obraně ztrojovali s jedním obráncem před ním, druhým za ním a třetí přiběhl hned, když Chamberlain dostal balon. Proti této obraně Jayhawks proměnili pouze 27 % střel z pole, oproti 64% úspěšnosti Tar Heels, a v poločase prohrávali 22:29. Deset minut před koncem vedl tým ze Severní Karolíny 40:37 a opět držel balon bez úmyslu střílet. Po pár vynucených ztrátách míče byl stav na konci zápasu 46:46. O vítězi se rozhodlo až v třetím prodloužení, kde Tar Heels porazili Jayhawks 54:53. Chamberlain zaznamenal 23 bodů a 14 doskoků a za své výkony byl zvolen nejlepším hráčem Final Four. Bylo to poprvé, co Chamberlainův tým prohrál i přes to, že on sám podal úžasný individuální výkon. Chamberlain později přiznal, že to byla nejbolestivější prohra v jeho životě.

Ve třetím ročníku (sezóna 1957-58) pro něj byly zápasy Jayhawks ještě více frustrující. Když všichni věděli, jak dominantní Chamberlain byl, tak ho protihráči neustále ztrojovali a dokonce na něj někdy nasazovali rovnou 4 obránce. Jeho spoluhráč Bob Billings to okomentoval slovy:

„Nebyl to zábavný basketbal…jen jsme tam běhali a honili hráče, kteří si jenom nahrávali balon dopředu a dozadu a nesnažili se skórovat.“

Chamberlain si přesto za tuto sezónu průměrně připsal 30,1 bodů a dovedl tak Jayhawks k bilanci 18-5, přičemž ve 3 z 5 proher díky infekčnímu onemocnění nenastoupil.

Po ztrátě chuti a potěšení z NCAA basketbalu a získání touhy po vydělání nějakých peněz se rozhodl, že opustí univerzitu a za 10 000 dolarů prodal magazínu Look příběh „Proč opouštím univerzitu“. Pro srovnání si v té době hráči NBA ročně vydělávali 9 000 dolarů. Za dvě sezóny v Kansasu si Chamberlain průměrně připsal 29,9 bodů a 18,3 doskoků, přičemž celkem nastřílel 1 433 bodů a doskočil 877 doskoků. V době, kdy mu bylo teprve 21 let, se objevil ještě předtím, než vůbec začal hrát profesionálně, v magazínech Time, Life, Look a Newsweek.